Sede degli uffici amministrativi della Bonificazione Pontina condotta sotto Papa Pio VI, fu eretto fra il 1780 e il 1785 sui resti della basilica forense romana, in parte visibili lungo la Salita dell’Annunziata.
Notevole esempio di edilizia pubblica del periodo, sebbene abbia assunto la sua forma attuale alla metà circa dell’800 inglobando Palazzo de Vecchis, il palazzo possiede due ingressi indipendenti, il minore sulla Salita dell’Annunziata e il maggiore, distinto da un grande portale architravato, su Piazza S. Domitilla.
Oggi il Palazzo ospita il Museo della Città, l’Archivio Storico e la Biblioteca Storica.