Il Museo, fondato nel 1894 da Pio Capponi, a cui è dedicato, è ospitato nella medievaleTorre dei Rosa.
Il Museo è oggi articolato in diverse sedi: Torre Frumentaria, Palazzo della Bonificazione Pontina e Favisse.
Sebbene depauperato nel corso dell’ultimo conflitto, esso conserva ancora numerosi reperti, in particolare di epoca romana, provenienti dalla città e dal suo territorio.